Дорога Владимира Арсеньева во Владивосток оказалась долгой и полной приключений. Едва он добрался до Благовещенска, как его остановили события, связанными с боксерским восстанием в Китае. Всех военных, оказавшихся в это время в Благовещенске, мобилизовали для участия в боевых действиях. В послужном списке поручика Арсеньева появилась следующая запись: «Находился в составе Благовещенского отряда генерал-лейтенанта Грибского с 8 по 25 июля 1900 года гарнизона бомбардируемого г. Благовещенска и 20 июля 1900 года участвовал в делах при выбитии китайцев с позиции у г. Сахаляна».

Во Владивосток поручик Арсеньев прибыл 5 августа 1900 года. До приезда семьи ему выделили небольшой домик в Гнилом углу — так называлось местечко в самом конце бухты Золотой Рог, известное сыростью и туманами. Приказом по полку новичка назначили исполняющим обязанности заведующего учебной командой. Много времени поручик В.К.Арсеньев проводил с молодыми солдатами, стараясь облегчить им тяготы долгого расставания с домом.

В первый же год службы во Владивостоке В.К.Арсеньев вступил в Общество любителей охоты и вскоре стал его активным членом. Знакомство с местным населением, желание лучше узнать полюбившийся край, подтолкнули офицера к исследовательской деятельности. Недостаток знаний по естественным и историческим наукам он восполнял в Обществе изучения Амурского края, куда его привел однополчанин и энтузиаст-краевед Н.В.Кирилов. 16 мая 1903 года, как это видно из протокола N 19 Распорядительного комитета ОИАК, он был принят в Общество действительным членом. А 13 июня в книге протоколов появилась следующая запись: «Выслушано предложение поручика В.К.Арсеньева пополнять музей различного рода материалами как зоологического отдела (шкуры, скелеты и т. п.), так и ботанического и вообще естественно-исторического и этнографического.