Изабелла опасалась, как бы французы не обвинили ее в том, что она приютила беглецов, и потому не удерживала Леонардо. Вскоре она раскаялась в этом, но было уже поздно. Своим поведением она показала истинную натуру женщины трусливой, жадной, а ведь, в сущности, ей нечего было бояться: в последний момент ее муж маркиз Мантуанский предал своего зятя Моро и объединился с Венецией, союзницей французов.

С того времени Леонардо стал самой настоящей жертвой преследований маркизы. Она ни на миг не оставляла его в покое, допекала его письмами и гонцами и даже направила к нему своего посла во Флоренции Пьетро да Новеллара, чтобы тот убедил Леонардо написать если уж не ее портрет, то хотя бы мадонну. Леонардо всякий раз обещал, но в довольно туманной форме.

В конце концов маркиза сама приехала к Леонардо из Мантуи под тем предлогом, что хочет нанести визит Венеции. Она попросила Леонардо написать портрет, пусть даже миниатюрный. Леонардо снова пообещал и снова своего обещания не сдержал.

И вот беглецы прибыли из Мантуи в Венецию. Лука Пачоли хорошо знал этот город. Он вспомнил, как сильно нуждался в первые годы своей учебы в здешнем университете. Ему пришлось даже, рассказал он Леонардо, стать наставником детей одного венецианского дворянина, «который в доме своем его по-братски приютил». Пачоли с радостью возобновил чтение лекций в Сан Бартоломео, его усилиями для Леонардо открылись двери домов старых друзей Пачоли и его новых учеников. Из записных книжек Леонардо мы знаем, что четверых миланских беглецов повсюду встречали весьма тепло.

Леонардо познакомился с постоянным посетителем лекций Пачоли, ученым Паоло Ванноццо из Сиены, с капитаном венецианских галер Саламоном Альвизе, с Пьером Паголо да Комо, с веронцем Фра Джокондо, с каноником Стефано Гизи из прихода святейших апостолов, «человеком близким кардиналу Гримани». Здесь же в Венеции он сделал эскиз венецианского всадника в окружении аллегорических фигур с дарственной надписью внизу: «Мессеру Антонио Гримани — венецианцу, другу Антон Марии» (Антон Мария был дожем Венеции, погиб в 1499 году в битве при Лепанто). Тем временем Леонардо по своей всегдашней привычке стал квартал за кварталом обходить город и объезжать лагуну. Он долго стоял в восхищении перед конной статуей Бартоломео Коллеони, этой «лебединой песней» своего учителя Андреа Верроккьо.