После запуска программы появляется рабочее окно. Вверху находится стандартное меню и панель инструментов. Под ними располагается панель скриптов, с помощью которой можно присваивать имена (метки) элементам книги, а также делать ссылки и сноски. Большую часть рабочего окна занимает главное окно редактирования текста. Оно имеет три режима: редактирование описания книги, редактирование текста книги в режиме WYSIWYG и в режиме исходника, когда видны все теги и настоящая структура файла. Слева от главного окна находится панель Document Tree, в котором отображается древовидная структура документа. С помощью ее можно быстро перейти в нужный элемент книги. И внизу – служебная строка. Там выводится структура текущего редактируемого элемента (например: body/section/p) или сообщения валидатора.

Пройдемся по пунктам меню. В меню File, кроме стандартных Создать(New), Открыть(Open), Сохранить(Save), есть команда Проверить(Validate) (F8). При вызове ее документ проверяется на соответствие спецификации schema. Если при этом были обнаружены ошибки, то программа автоматически переходит в режим редактирования исходника, устанавливая курсор на 1-2 строки ниже «проблемной» строки. Пункт меню File\Import по умолчанию имеет один подпункт: «No import plugins installed». Плагины для импорта книг из других форматов в комплект FB Tools не входят. Но если вы установите пакет Any2FB2, то FB Editor сам обнаружит его, и соответствующая иконка появится в меню File\Import. Устанавливать Any2FB2 в одну папку с FB Tools для этого вовсе не обязательно. Пункт меню File\Export позволяет экспортировать книгу в формат HTML. Структура книги полностью сохраняется. Если вы установили пакет FB2Any, здесь появятся плагины для экспорта книги в txt, Rocket Book, MS Reader, iSilo.