При выборе месторасположения полигона рассматривалось несколько вариантов, в том числе были предложения разместить полигон поблизости от места разработки и изготовления атомной бомбы, невдалеке от Сарова. Однако по условиям безопасности и другим соображениям этот вариант не был одобрен.

Окончательным местом для 71-го полигона был определен р-н пос. Багерово на Керченском п-ове в Крыму. Полигон был расположен в 14 км от Керчи на месте действовавшего здесь во время войны полевого аэродрома. В этом районе преобладало значительное количество солнечных дней, что было существенно для обеспечения визуального наблюдения за испытываемыми объектами при траекторных измерениях. При этом учитывалось обеспечение безопасности испытаний и соблюдение режимных условий, а также возможность отчуждения для полигона значительной территории. Восточная граница полигона от пос. Багерово выходила к Азовскому морю в р-не Чокракского оз., а западная — к Казантипскому заливу. На отведенной территории все бывшие аэродромные сооружения и взлетно-посадочная полоса были разрушены, жилой фонд отсутствовал. К этому следует добавить, что в районе будущего гарнизона не было дорог, источников водоснабжения, отсутствовала линия электропередачи.

Приказ главкома ВВС о формировании 71-го полигона как воинской части 93851 с его штатной структурой был подписан 10 ноября 1947 г. Начальником полигона был назначен энергичный, обладающий опытом руководства большими коллективами и ведения боевых операций генерал-майор авиации, Герой Советского Союза Комаров Георгий Осипович.