Нагиб Махфуз вернулся в литературу только в конце 1959 года, опубликовав отдельными главами в газете «Аль-Ахрам» большой роман «Дети нашего квартала». Этот роман резко отличается от прежних произведений писателя и свидетельствует о его идейных и творческих исканиях. «Дети нашего квартала» — аллегорическое произведение. Хотя его действие как будто происходит на окраине Каира в не столь отдаленное время, на самом деле «квартал» символизирует весь мир, а «дети» — все человечество. Сюжет романа — вольная интерпретация священных книг иудаизма, христианства и ислама, а в его героях легко узнать Иисуса, Магомета, Моисея, Сатану, Адама (Человека). Рассказывая историю жизни нескольких поколений обитателей квартала, писатель аллегорически изображает разные этапы борьбы человечества за лучшее будущее, его ошибки и блуждания. Роман выражает глубокие раздумья о смысле жизни, о добре и зле, о социальной революции и ее взаимоотношениях с наукой и религией.

Реакция на это произведение Махфуза была противоречивой. Почитателей реалистического таланта писателя удивило, что социалист и поклонник науки обратился к религии. С другой стороны, в кругах, близких к мусульманскому университету «Аль-Азхар», Махфуза обвинили в «ереси» и «безбожии» и даже потребовали предания его суду. Сам писатель назвал эту новую систему своих взглядов «суфийским социализмом»

Тяготение к аллегории и символике проявляется и в последующих произведениях Махфуза, особенно в рассказах, к которым он обратился в начале 60-х годов после многолетнего перерыва (сборники «Мир аллаха» и «Дом с дурной репутацией»).

С 1961 по 1967 год Нагиб Махфуз опубликовал шесть романов: «Вор и собаки», «Осенние перепела», «Путь», «Нищий», «Болтовня над Нилом» и «Пансионат «Мирамар». В них он возвращается к теме современного Египта, проявляя внимание к актуальным общественным и политическим проблемам и трудностям послереволюционного египетского общества.