Среди двухсот раненых находится и Магеллан; как всегда в эти годы безвестности его удел - получать только ранения, но не знаки отличия. Вскоре его вместе с другими ранеными переправляют в Африку; там его след теряется, ибо кому придет в голову день за днем протоколировать жизнь простого sobresaliente? По видимому, он некоторое время прожил в Софале, а затем, вероятно в качестве сопровождающего транспорт пряностей, отбыл на родину. Возможно (в этом пункте хроники разноречивы), что летом 1507 года он возвратился в Лиссабон на одном судне с Вартемой. Но дальние края уже завладели сердцем мореплавателя. Чуждой кажется ему Португалия, и весь его недолгий отпуск превращается в нетерпеливое ожидание следующей индийской эскадры, которая доставит Магеллана на его настоящую родину: в мир дерзновенных начинаний.

Перед этой новой эскадрой, в составе которой Магеллан возвращается в Индию, стоит особая задача. Достославный спутник Магеллана, Лодовико Вартема, несомненно, доложил при дворе о богатствах города Малакки и дал точные сведения о столь долго искомых , которые он, первый из европейцев и христиан, узрел ipsis oculis 19 . Его рассказы убеждают португальский двор, что покорение Индии останется незавершенным, а захват ее богатств неполным, пока не будет завоевана сокровищница всех пряностей - Islas de la especeria. Но для этого нужно сначала овладеть ключом, их замыкающим, забрать в свои руки Малаккский пролив и город Малакку (нынешний Сингапур, стратегическое значение которого не укрылось от англичан). Согласно испытанным лицемерным методам, португальцы, однако, не сразу посылают военную эскадру, а сперва снаряжают четыре корабля под начальством Лопиша да Сикейры, которому поручено осторожно подобраться к Малакке и в обличье мирного купца произвести разведку берега.

Небольшая флотилия без особых приключений достигает Индии в апреле 1509 года. Плавание в Каликут, каких-нибудь десять лет назад провозглашенное беспримерным подвигом Васко да Гамы и прославленное летописцами и поэтами, теперь под силу любому капитану португальского торгового флота. От Лиссабона до Момбасы, от Момбасы до Индии известен каждый риф, каждая бухта. Уже нет нужды ни в лоцманах, ни в . И только когда Сикейра, выйдя 19 августа из Кочинской гавани, берет курс на восток, португальские суда снова вступают в неизвестные воды.