О матери адмирала Елизавете Андреевне неизвестно почти ничего, даже даты ее рождения. Но главное о ней мы знаем: Макаров трогательно любил мать и до последних дней вспоминал о ней с нежностью и благодарностью. Как-то в юности он прочел «Семейную хронику» Сергея Аксакова. И вот в его дневнике появилась такая запись: «Увлекаюсь этою книгою... Третьего дня я просидел до часу, читал его первое поступление в гимназию, как он грустил в ней по своей матери, не находя ни в ком из товарищей сочувствия. Тут мне пришло в голову, что ежели бы я был его товарищем, то, наверное, он в первую же минуту нашел бы во мне друга, который понял бы его тоску и перед которым он легко мог бы высказать свою грусть и тем во многом облегчить себя...»
А далее следует рассуждение, поразительно глубокое для пятнадцатилетнего юноши: «Разница между Аксаковым и мною та, что он – сын помещика, а я – офицерский сын и что он имел нежно любящую его мать, которая, сама будучи хорошо образованна, внушала ему первые правила жизни, развивала в нем лучшую сторону человеческого достоинства, а я имел родную мать только до девятилетнего возраста; она хотя и заботилась обо мне с материнской любовью, однако же, имея, кроме меня, еще много детей, за которыми требовался такой же присмотр, и, не будучи хорошо образованна, она имела правилом учить детей, пока они лежат поперек скамейки, и действительно она достигла своей цели: сначала я не делал дурных поступков из-за того, что знал, как буду строго наказан, а потом начал сам понимать, что делать их нехорошо».
Отношения Степана с отцом с детских лет были довольно прохладными, большого влияния Иосиф Федорович на младшего сына не имел, да, видимо, и не очень им занимался. К тому же через год после смерти жены он вторично вступил в брак. Второй женой Макарова-старшего стала вдова его офицера-сослуживца. Степан Осипович ни единым словом не обмолвился о своей мачехе. О ней неизвестно ровным счетом ничего. Холодность отношений между отцом и сыном осталась неизменной всю жизнь, хотя сохранившиеся письма Макарова-младшего говорят о бесспорном уважении и почтении его к Макарову-старшему.