Процесс состоялся в 1992 году и привлек к себе внимание миллионов американцев. Во время суда выступил психиатр, который долгое время обследовал Дамера и сумел понять "смысл" его преступлений. По словам врача, Дамер убивал своих гостей потому, что не хотел с ними расставаться, а они все после совместной ночи стремились его покинуть. Дамер делал попытки уговорить их остаться с ним, но это ни разу не помогло. И тогда он стал добавлять им в питье снотворное, а после того как гость засыпал, брал дрель и старательно сверлил в голове жертвы дырочку в том месте, где, как он узнал из анатомического атласа, находится центр воли человека. Просверлив дырочку, Дамер наливал туда кипяток, а в одном случае налил соляную кислоту с тайной целью уничтожить центр воли и зомбировать гостя. Однако в каждом случае гости Дамера умирали, и он не нашел ничего лучшего дабы сохранить память о любовниках, как только оставить себе их черепа и съесть их мясо.

В конце концов Джеффри Дамер признал себя виновным в убийстве пятнадцати человек и в своем последнем слове заявил: "Я требую, чтобы вы вынесли мне смертный приговор. Я надеюсь на Божью милость и понимаю, что общество и родственники моих жертв никогда не простят меня. Обещаю молиться все оставшиеся дни, чтобы заслужить прощение. Я видел слезы этих несчастных людей, и если бы мог, то отдал бы жизнь, чтобы вернуть их близким. Во мне не было ненависти к кому-либо. Я понимаю, что был безумцем и маньяком, но теперь моя душа успокоилась. И только Господь наш Иисус Христос может простить мне мои грехи..."

В связи с тем, что в штате Висконсин была отменена смертная казнь суд приговорил Джеффри Дамера по пятнадцати пунктам обвинения к 1070 годам тюремного заключения. Его поместили в одиночную камеру висконсинской тюрьмы строго режима, где он пробыл до 28 ноября 1994 года. В тот день в тюремном туалете Дамер повздорил с заключенным Кристофером Скарвером и тот, схватив швабру, нанес Дамеру несколько ударов по голове. Один из них оказался смертельным.