Великолепный спортсмен — боксер, легкоатлет, теннисист. Чемпион Берлинской Олимпиады, многократный чемпион Берлина, один из лучших стрелков в СС. Он был высок ростом, прекрасно сложен, и судя по фотографиям времен войны, мог служить образцом нордической красоты, пропагандируемой Геббельсом: белокурый, с насмешливым взглядом светлых глаз. Его независимый, ироничный нрав снискал ему известность среди сослуживцев.

Альфред Науйокс нередко бывал невыдержан и даже язвительно резок в суждениях. Эта черта характера едва не стоила ему карьеры, так как послужила основной причиной его конфликта с Гейдрихом, и только вмешательство Гиммлера спасло полковника от разжалования и отправки на Восточный фронт. Однако из Берлина его удалили. .

Но, опять-таки по другим данным, он все же успел отличиться на Востоке в дивизии СС и даже был там ранен, после чего оказался в Бельгии. Позднее, после смерти Гейдриха, Шелленберг вернул Науйокса в Берлин на прежнюю должность. Говорили, что Науйокс не простил Гейдриха. Однако доказательств к его причастности к покушению на шефа СД не обнаружилось.

В 1940 году Альфред Науйокс вместе с Вальтером Шелленбергом принимал участие в похищении двух английских агентов из нейтральной тогда Голландии и до самого конца войны разъезжал по Берлину в «трофейном» «бьюике», захваченном во время этой операции. Он был одним из центральных участников операций «Бернхард» и «Огненная земля». Под его непосредственным руководством были изготовлены десятки и сотни тысяч фальшивых долларовых купюр и фунтов стерлингов, поддельные знаки на которых не могли распознать даже швейцарские банки. Эти «вливания» сразу после окончания войны значительно подорвали экономику США и Великобритании.

В тех же лабораториях изготовлялись и десятки фальшивых документов, всевозможные справки и разрешения за подписью командования союзных войск, с которыми многие нацистские бонзы и сослуживцы штандартенфюрера Науйокса успешно скрывались в послевоенном мире.