К началу 1965 года сценарий фильма был уже готов. По сюжету он несколько отличался от повести П. Бляхина. Как мы помним, у того действовало трое юных героев: брат, сестра и китайчонок (в киноверсии Перестиани китайца заменили на негра), а у Ермолинского и Кеосаяна их было уже четверо: Мишка Недоля, его сестра, сын питерского рабочего Валерка и цыганенок Яшка. Последний появился в сценарии при следующих обстоятельствах. Если бы авторы новой версии оставили негра, то они рисковали придать фильму некий политический подтекст (в те годы в Советском Союзе шла очередная кампания в поддержку порабощенных народов Африки). С китайчонком тоже нельзя было связываться, но уже по иной причине: с Китаем мы в те годы "не дружили". А цыган подходил по всем статьям: во-первых, аполитично, во-вторых - романтично. Кстати, в первом варианте сценария Яшка в конце погибал.

Главная завязка сюжета осталась такой же: у Мишки и его сестры махновцы убивают отца и они вместе с друзьями пробираются к Буденному, чтобы влиться в его войско и отомстить за смерть родителя. Кстати, у Валерки отец тоже погиб на фронте и чувство справедливой мести переполняло его не меньше, чем брата с сестрой Недолю. Кроме этого, сын рабочего был самым образованным в "четверке": помешанный на книжках про индейцев, он махновцев называл "бледнолицыми собаками", а своего друга Мишку именовал Неустрашимым Следопытом.

10 февраля 1965 года художественный совет объединения "Юность" обсудил сценарий "Знак четырех". Обсуждение началось с выступления патриарха советского сказочного кино режиссера Александра Птушко, который весьма критично высказался о сценарии. Приведу лишь несколько отрывков из его выступления: