В последнем фильме Крючкову досталась роль, тогда мало присущая его актерскому имиджу - шалопай Кузьма. Как вспоминал сам актер: "Когда я начал сниматься в этой картине, ко мне заявился "под градусом" мой друг Василий Сталин и начал орать, чтобы я не смел играть эту роль, не похабил мои прежние образы, любимые народом. Грозился даже "сослать в Сибирь". А я ему в ответ пропел: "А я Сибири, Сибири не боюся, Сибирь ведь тоже русская земля". Утром он звонил, извинялся".

Вскоре после начала съемок фильма "Свинарка и пастух" началась война, и Пырьев собирался приостановить работу. Однако руководство запретило ему это делать, мотивируя тем, что именно комедия необходима сейчас советскому народу. Все лето и начало осени картина снималась под разрывы вражеской канонады. Наконец 12 октября фильм был сдан руководству кинокомитета, а уже 14-го "Мосфильм" срочно был эвакуирован в Казахстан.

С первых же дней войны Крючков стал проситься на фронт, однако военком уговорил его остаться. "Снимаясь в кино, вы принесете Родине не меньше пользы, чем на фронте", - сказал он актеру. И Крючков с головой ушел в работу. В 1942 году он снимался одновременно в пяти картинах: "Котовский", "Фронт", "Антоша Рыбкин", "Во имя Родины" и "Парень из нашего города". Последний фильм стал одним из самых популярных в годы Великой Отечественной войны. Во время работы над ним Крючков свалился от истощения и попал в госпиталь. Но долго лежать там не позволяли обстоятельства, и, едва поправившись, актер вновь вернулся на съемочную площадку.

В том же 1942 году Крючков должен был вместе со своими давними партнерами по фильму "Трактористы" Б. Андреевым и П. Алейниковым сняться в эпизоде "Три танкиста", вошедшем затем в "Боевой киносборник № 8". Однако приехать на съемку Крючков не сумел, и его роль сыграл Марк Бернес... чем вызвал немало пересудов среди зрителей.