В 1957 году распался и второй брак Крючкова: Алла Парфаньяк ушла от него, забрав с собой сына (она затем стала женой Михаила Ульянова). Оставшись один, актер вскоре переехал в однокомнатную квартирку (11 метров) на первом этаже в центре Москвы. Туда же он привел и свою третью жену заслуженного мастера спорта Зою Кочановскую. С нею он познакомился в 1959 году, когда снимался в фильме "Домой". После свадьбы им обещали дать новую квартиру, однако въехать в нее молодоженам было не суждено. Вскоре произошла трагедия. Рассказывает А. Аршанский: "Мы возвращались из экспедиции в Ленинград, ехали втроем в "газике". В центре города Зоя попросила ее подождать, она хотела купить помаду. Мы остановились, она перешла улицу, купила губную помаду, и, когда возвращалась обратно, на наших глазах, в трех метрах от нас, ее сбил военный "Студебеккер". Умерла она у нас с Крючковым на руках. А спустя два дня мы летели вдвоем в грузовом самолете, только мы и гроб, который болтался по самолету".
Николай Крючков после этой трагедии с трудом приходил в себя. Его друзья, боясь за него, неотступно были с ним рядом. Постепенно боль утихла, а через два года после этого актер встретил свою последнюю любовь - на съемках очередного фильма он познакомился с 30-летней ассистенткой режиссера Лидией Николаевной. Вот что она вспоминает об этом: "Однажды во время обеда он пригласил меня сесть к нему за столик. Я ответила, что мне некогда, потому что много работы. Оказывается, нашлись доброжелатели, которые сказали Николаю Афанасьевичу, что я "занята", и даже назвали фамилию мужчины из съемочной группы. А Крючков сам был человеком прямым, откровенным и потому всем верил. Когда я об этом узнала, то объяснила, что его ввели в заблуждение.