В 1939 году после четвертого раздела Польши вся Волынь, включая Дорогобуж и Ровно, отошла к СССР. Усадьба, в которой поэт прожил почти безвыездно 21 год, была разгромлена. Разорили архив, в котором было много неопубликованных работ Кондратьева. Тираж «Славянских богов» был в порыве атеистического рвения уничтожен сельским старостой, увидевшим на обложке слово «боги». Кондратьев уходил из усадьбы пешком, спрятав в подкладке шубы записные книжки со стихами, в том числе маленькую черную книжку, сохранившуюся еще с 1904 года.
Потянулись жестокие военные и суровья послевоенные беженские годы с многочисленными трудными переездами. Из Ровно попал он в Варшаву, потом жил в польском городке Хелме, потом около Кракова. Позднее Кондратьев переехал в Австрию, а в апреле 1945 года оказался близ Берлина под бомбами. Совершенно случайно ему удалось уехать в Белград, где он прожил до 1950 года. О пяти годах его жизни в Югославии почти ничего не известно. Затем еще был лагерь для перемещенных лиц в Триесте. Там издавался маленький лагерный журнал, Кондратьев печатался в нем. Вряд ли сохранился у кого-нибудь хоть единственный экземпляр этого триестского журнальчика.