Однако после ухода берберских отрядов христиане возобновили свои набеги, и Юсуф по просьбе эмиров вновь переправился через Гибралтар и захватил почти все владения удельных эмиров. Аль-Мутамид, взятый в плен, был выслан в маленький марокканский город Агмат вместе со своей семьей, где и умер.
После победы Альморавидов при Заллаке натиск испанских христиан был приостановлен, но реконкиста продолжалась. В 1118 году Сарагоса была отвоевана Арагоном, затем пала власть мусульман в Лиссабоне (1147 г.), Аларкосе (1195 г.) и других городах северо-запада.
В XII веке местные андалусские феодалы, которые лишь формально были подчинены власти североафриканских правителей, воспользовавшись недовольством населения против все усиливавшегося налогового бремени, восстали против Альморавидов, В Альгарве, Кордове, Мурсии и Валенсии были созданы независимые андалусские государства, о появлением которых начался второй кратковременный период власти удельных эмиров. Они платили дань королю Кастилии, но не оставляли надежды на создание крепкой центральной власти мусульман в Андалусии. Когда в Северной Африке восстали под руководством Ибн Тумарта берберы — Альмохады («аль-муваххидуна» — «защитники единобожия»), один из андалусских эмиров, правитель Бадахоса, призвал их на помощь. В 1150 году власть Альмохадов признали эмиры Южной Андалусии, Португалии и Эстремадуры. К 1172 году Альмохады овладели всей территорией Андалусии.
Новые правители продолжали вести войны с Леоном и Кастилией и в 1195 году одержали победу при Аларкосе. Но ничто уже не могло сдержать натиска испанских государств. XIII век — высшая точка реконкисты, и с 1212 года, когда Альмохады потерпели сокрушительное поражение в битве при Лас-Навас-де-Толоса, власть мусульман в Андалусии все больше стала клониться к закату. В 1236 году кастильские войска захватили Кордову, в 1229—1235 годы Балеарские острова — центр мусульманского флота — окончательно отошли к Арагону, а в 1238 году Арагон присоединил и Валенсию. С 1248 по 1262 год мусульмане потеряли почти все свои земли с городами Аликанте, Мурсия, Кадис, Севилья, Хаэн и другие.