Спустя всего месяц после отставки Вилигута немцы вторглись в Польшу, запылал огонь Второй мировой войны. «Распутин Гиммлера» на всё время войны оказался наедине с забвением и неважным здоровьем. Эльза Балтруш, бывшая членом персонального штаба Гиммлера, была назначена его «домоправительницей». Она оставалась верной Вилигуту до его смерти. Вначале им была предоставлена квартира в Ауфкирхен, но в мае 1940 года они смогли переехать в Вердерхоф, в легендарный для Вилигута город Гослар. К несчастью, эти квартиры в 1943 году были реквизированы медицинскими властями, и жильцам пришлось переехать в эсесовский гостевой домик на озере Вёртерзее в Австрии. В конце войны Вилигут был передан в лагерь беженцев британскими оккупационными войсками. Оттуда ему было позволено вернуться в Зальцбург, но там он оказался несчастлив в окружении семьи, для которой он стал чужим. Получив необходимые документы, с семьёй фрау Бальтруш он отправился в Арользен на севере Германии. К этому времени Вилигут лишь периодически приходил в сознание, и, как, говорят, бесконечно повторял свои мантры. По приезду в Арользен, на Рождество 1945 года, Вилигута настиг приступ, и в семь часов утра 3 января 1946 года он умер. Он похоронен на кладбище в Арользене