Родился в Бостоне. В 1912-м получил звание доктора философии в Гарвардском Университете. В 1915-м там же стал преподавать историю. Получил ранг профессора, имеющего докторскую степень в 1925-м, и ранг профессора американской истории в 1941-м. В период между 1922-м и 1925-м годами занимался вопросами истории в Оксфордском университете. Сэмуэль Э. МорисонВ соавторстве с Генри Стилом Команджером начал писать первые исторические труды — «Жизнь и письма Гаррисона Грэя Отиса, Федералиста, 1764–1848» (The Life and Letters of Harrison Gray Otis, Federalist, 1765–1848, 1913) и «Развитие Американской Республики» (The Growth of the American Republic, 1930). В 1926-м был назначен официальным историком Гарвардского Университета, чье обширное прошлое Морисон заключил в три тома, выпущенных в 1936-м году.

В 1942-м перед написанием биографии Христофора Колумба Морисон с несколькими друзьями покупает и полностью снаряжает баркетину «Капитана» для посещения мест «боевой славы» своего героя. Старания моряков-историков были вознаграждены — книга «Адмирал моря-океана» (Admiral of the Ocean Sea,1942) была удостоена Пулитцеровской премии.

Однако наибольшую известность Морисону принес фундаментальный труд «Операции американского ВМФ во Второй Мировой войне»(в 15-ти томах). Просьбу автора стать официальным историком ВМФ США поддержал президент Франклин Рузвельт, уже знакомый главами из «Христофора Колумба». В мае 1942-го профессор был произведен в лейтенанты Морского резерва и получил широкие полномочия для своих перемещений «внутри флота». Морисон воочию видел охоту за немецкими субмаринами в Атлантике, жестокие ночные бои на Тихом океане, десанты союзников на Средиземноморье.