Під час боротьби між П. П. Скоропадським і військами Директорії льотчики 8-го Катеринославського авіаційного дивізіону залишалися у складі підпорядкованого гетьману 8-го Катеринославського корпусу і здійснили два розвідувальні польоти у розташування повстанців. Проте 1-й Запорізький авіаційний загін Катеринославського авіаційного дивізіону одразу і беззастережно перейшов на бік Директорії. Коли командування корпусу вирішило розірвати стосунки з гетьманським урядом і наказало підлеглим частинам вирушити у бік Криму на з’єднання з білогвардійськими військами, це розпорядження виконали лише кілька військовослужбовців дивізіону на чолі з сотником Іваном Калугіним. Командир дивізіону С. Заборовський і більшість його особового складу залишилися у Катеринославі та 12 грудня 1918 р. оголосили про перехід до військ Директорії

Наприкінці січня 1919 р. усі розташовані у Києві авіаційні інституції та частини (4-й Київський, 5-й Чернігівський дивізіони) були евакуйовані до Козятина, а 3-й повітроплавний загін — до Бердичева

1919 р. — до Проскурова. Під час евакуації Вінниці у місті залишилися рештки Ескадри повітряних кораблів, кадр якої та єдиний справний літак «Ілля Муромець» 18 березня 1919 р. потрапили до рук червоноармійців і пізніше використалися у формуванні радянської авіації в Україні. Зокрема, колишній помічник командира ескадри сотник Яків Шаров з 20.06.1919 був призначений до Штабу повітряного флоту радянської України та згодом обіймав командні посади в РСЧА

Про проскурівський період Повітряного флоту УНР колишній начальник його канцелярії Петро Білон згадував: «До Проскурова прибули авіяційні дивізіони: Київський, Чернігівський, частина Полтавського, деякі старшини-літуни з Харкова, Житомира і Вінниці.