12-го февраля 1386 года он принял крещение. В тот же день произошло бракосочетание его с Ядвигою, а на четвертый день после крещения он коронован как польский король. В 1387 году он отправился с женою в Литву для распространения в ней той веры, которую сам исповедовал. Зная хорошо образ мыслей и наклонности Литовцев, он решился прежде всего убедить их в бессилии мнимых богов. Для этого велел ниспровергнуть языческие алтари и идолов, истребить священных змей и гадов, вырубить рощи и распустить жрецов. Потом собран был для принятия крещения народ, который, видя, что боги не мстят за нанесенное им оскорбление, не прекословил воле великого князя. Сам Ягайло переводил Литовцам слова польских миссионеров. Для возбуждения в народе желания креститься, Ягайло приказал выдавать всем новокрещенным по белому суконному кафтану и по красной обуви. Чтобы воспользоваться несколько раз этим даром, иные крестились по два и по три раза. Крестили вдруг целую толпу, и всем находившимся в ней давали одно имя. Совершая таким образом крещение, в короткое время окрестили 30,000 человек. Впрочем и в этом случае можно утвердительно сказать, что принятие в Литве введенного Ягайлою христианства не было вполне искренно. Простой народ, и то только в верхней Литве, повиновался воле великого князя и следовал его примеру. Жмудь еще более 50 лет с ожесточением противилась введению нового верования; наконец почти вся высшая литовская аристократия приняла христианскую веру по обрядам восточного исповедания и слушала литургию на славянском языке (Linde o stat. lit. str. 21).

В Вильне, на том месте, где во времена язычества горел неугасаемый огонь Зничь перед кумиром Перкуна, основан кафедральный костел св. Станислава. Ягайло основал виленское епископство и первым епископом назначен был Андрей Василло. Вместе с тем обеспечено было содержание четырех прелатов и восьми каноников. С этой целью Ягайло подарил капитулу несколько значительных имений в окрестностях Вильна.

С принятием римско-католической веры Ягайло последовал за стремлением свойственного ей духа нетерпимости.