20 квітня 1788 р. запорозьке козацтво дістало нову назву: «Війська вірних козаків Чорноморських», або — Чорноморського козацтва. 13 травня того ж року чорноморцям повернуто всі військові прапори та клейноди запорозького козацтва, чим підтверджено безперервний історичний зв’язок українського козацтва. 30 червня 1792 р. чорноморцям було жалувано у вічне володіння всі землі між р. Кубанню та Азовським морем. За кілька місяців чорноморські козаки у повному складі переселилися на Таманський півострів.

Чорноморське козацтво на початку свого існування було не дуже численним (вважається, що перші переселенці нараховували не більше 25 тис. осіб), а головне — не вистачало жінок, тож за деякий час Чорноморському козацтву загрожувало зникнення. Щоб запобігти цьому, царський уряд провів в Україні кілька «мобілізацій» малоросійських козаків та жіноцтва. Зокрема, 22 серпня 1799 р. на Кубань було наказано відправляти «всіх бродяг» з Малоросії, польських земель (тобто Правобережної України) та колишніх запорожців. Згідно з наказом від 17 березня 1808 р. переселено близько 15 тис. малоросійських козаків із дружинами та дітьми, а 19 квітня 1820 р. — ще 25 тис.

Отже, Чорноморське козацтво формувалося з яскраво національною українською ознакою, яку не втрачало аж до радянської політики Розкозачення, що тривала у 1928–1930 рр., та насильницького перепису всіх колишніх чорноморських козаків на «росіян».

Від часу виникнення, 1787 р., Чорноморське козацтво брало участь у більшості воєн, що їх вела Російська імперія. З 1802 р. Чорноморське козацьке військо поділялося на 10 кінних та 10 піших (по 5 сотень) полків.

18 травня 1811 р. було створено Гвардійську Чорноморську сотню для служби у Санкт-Петербурзі при царському дворі.