Нове, надзвичайно масштабне переселення українців на територію Московії відбулося протягом 1649–1652 рр. — під час Визвольної війни Богдана Хмельницького проти поляків. Головною причиною цього стала поразка українських військ під Берестечком у 1651 р. та укладення миру з поляками, яким передбачалося скасування Б. Хмельницьким усіх правобережних полків. Значна частина козацького населення Правобережжя пішла шляхом, уторованим повстанцями Якова Остряниці, й теж осіла на південно-західному прикордонні Московії, що відтоді почало називатися Слобожанщиною. Тут було засновано п’ять козацьких полків: Харківський, Сумський, Охтирський, Ізюмський та Острогозький, які аж до часу їх скасування в 1765 р. несли військову охоронну службу.
1667 р., після підписання Андрусівського миру між Московією та Польщею, вся Лівобережна Україна остаточно перейшла до складу Московського царства. Внутрішній устрій Лівобережжя лишився майже не зміненим. Збереглися й адміністративно-територіальний поділ на 10 козацьких полків — Київський, Чернігівський, Ніжинський, Стародубський, Гадяцький, Полтавський, Переяславський, Прилуцький, Миргородський та Лубенський, — і внутрішня військова організація цих частин. У розпорядженні гетьмана залишилися наймані полки — Охочекомонні (або Компанійські) та Охочепіхотні (або Сердюцькі) — його особиста гвардія (кількість таких формувань часто змінювалася; за часів Мазепи існувало 5 Охочекомонних та 5 Охочепіхотних полків).