Ныне преобладает та точка зрения, что первые поселенцы пришли на архипелаг в основном из Юго-Восточной Азии через Филиппины и острова Рюкю. Произошло это на рубеже палеолита и неолита. Вероятно, это были предки аборигенов Японии — айну, когда-то заселявших все острова. Принято относить первонасельников Японии к аустронезийцам — у них были густые волосы, окладистые бороды и широкие носы, но кожа при этом была светлой, а черты лица монголоидными (результат более позднего смешения с мигрировавшими на Хоккайдо охотниками и рыболовами из северных районов Сибири).
Около III в. до н. э. в Японию через Корейский полуостров начали проникать выходцы из Китая и Кореи. Миграция шла и южным путем — с юга Китая, через Тайвань, острова Рюкю и Кюсю. Можно предположить, что на архипелаг попадали и переселенцы с островов Тихого океана, чьи лодки приносили сюда мощные океанские течения. В японской мифологии и фольклоре обнаруживается множество сюжетов, говорящих о связи с культурой Полинезии и Юго-Восточной Азии. Так, по замечанию японского исследователя Обаяси Таре, в рассказе о сотворении мира из первоначального хаоса, упоминающем бога Амэно-минака-нуси-но ками (Бог Правитель Священного Центра Небес), «прослеживаются общие характеристики с традицией Творца, обитающего на небе, известного как Тангала в Полинезии (Самоа, острова Общества) и как Тангандава в Индонезии (остров Целебес). С другой стороны, Тэнгри (или Тангри, Тангара, Тянгара, Тагара), божество, почитаемое кочевниками Центральной Азии, языки которых принадлежат к алтайской семье, имеет более тесное сходство с Амэ-но Минакануси в том, что также является верховным божеством, пребывающим на небесах в окружении подчиненных ему богов. Полагают, что культ Тэнгри проник в Японию через Корею и достиг Полинезии через Индонезию и Восточную Азию».