Первую группу составляют мифы о разделении Неба и Земли, появлении первых богов, брачном союзе божеств Идзанаги и Идзанами (брата и сестры) и рождении последними Японских островов, многочисленных божеств (в том числе Аматэрасу и Сусаноо) и «всех десяти тысяч вещей». Вторая группа — мифы о божествах Равнины Высокого Неба (Такама-но-хара), прежде всего мифы об Аматэрасу и ее брате Сусаноо. Наконец третья группа мифов — это мифы о нисхождении на землю прародителя императорской династии. Также существует разделение мифов на миротворческие и мироустроительные — и на мифы, посвященные «строительству страны», то есть мифы, связанные с деяниями первых земных потомков небесных богов — императоров Японии.

Повествование «Кодзики» разделено на три свитка, первый из которых охватывает эпоху миротворения и мироустроения, а второй и третий рассказывают о «строительстве страны». Главные действующие лица первого свитка — разнообразные божества японского синтоистского пантеона, от первобогов Амэ-но-минака-нуси-но ками (Бог Правитель Священного Центра Небес), Така-ми-мусуби-но ками (Бог Высокого Священного Творения) и Камимусуби-но ками (Бог Божественного Творения) до таких экзотических богов, как Амацухико-хиконагисатакэугая-фукиаэдзу-но микото (Небесный Юноша-Доблестный Бог Баклановой Крыши, Не До Конца Настеленной На Морском Берегу). Все эти божества принадлежат к ками — этим, по выражению М. Элиаде, «вездесущим проявлениям всего священного». Само слово «ками» буквально означает «верхний»; в японской мифологии этим словом обозначаются не только собственно божества в привычном нам, европейском смысле, но и любые проявления сверхъестественной силы. «Сказать, что первобытные японцы представляли все явления природы прибежищем духов, — писал Дж. Б. Сэнсом, — или что их религия была анимистическим культом, означало бы применять точные термины к вещам слишком неясным и многообразным для простого определения. Однако японцы явно ощущали, что все различимые объекты некоторым образом живы, и история синтоизма — история поэтапного развития этих зачаточных представлений в религию государственную».