Несмотря на успехи российской контрразведки в борьбе с японскими агентами на территории России, в целом работа была поставлена из рук вон плохо. Ее отличали невнимательность, заорганизованность, а иногда и полная неорганизованность, недостаток сведений о Японии и японском менталитете. Возглавляемое Лавровым отделение вскоре после войны было ликвидировано.

Вместе с тем нельзя не признать, что в годы русско-японской войны российской контрразведке удалось решить ряд важных задач. Были обнаружены и перекрыты каналы утечки секретной информации за рубеж, серией крупномасштабных операций удалось обеспечить безопасность прохода судов 2-й тихоокеанской эскадры на Дальний Восток и установить контроль за деятельностью японской агентуры в западноевропейских странах. Учитывая опыт русско-японской войны, в последующие годы был предпринят ряд мер по улучшению организации контрразведывательной службы. Эти меры, в частности, предусматривали более тесное взаимодействие Департамента полиции и его местных органов с военной контрразведкой. Таким образом, наметившееся еще в 1904–1905 гг. превращение Департамента полиции в центр координации всей контрразведывательной работы в России стало обретать реальные очертания.

В свою очередь комплектование японских агентов в России для японских разведывательных органов в первое время представляло значительные трудности. Они были связаны с тем, что вплоть до начала XX в. знание русского языка в Японии не получило широкого распространения. С другой стороны, появление японцев в России, вследствие их значительных внешних отличий от коренного населения, не могло не привлечь к себе внимания и не вызвать подозрения о подлинных целях этого появления. Не случайно при подготовке кадров для работы в России Японии приходилось проявлять значительную изобретательность и гибкость.