Соленые озера находятся в степной части. Самые крупные из них Беле и Шира. Наиболее минерализованы (до 100 г/дм³) озера Тус, Алтайское-1, Камышовое. Грязи и вода соленых озер имеют лечебные свойства.

Распределение растительности по территории Хакасии подчиняется законам вертикальной поясности. В наиболее пониженных участках рельефа – котловинах – преобладает степная растительность. По мере увеличения высоты она сменяется лесостепной, подтаежной, горнотаежной и, наконец, высокогорной растительностью.

Флора Хакасии насчитывает 1526 высших растений, 85 видов – эндемики Алтае-Саянской горной страны, а 28 видов произрастает только на территории Хакасии. 24 вида растений занесено в Красную книгу РФ.

Плоды, семена и ягоды многих растений используются в пищу (кедр, черника, брусника, калина, рябина, малина, смородина, жимолость, земляника, клубника и др.), полезны черемша, щавель, борщевик, папоротник-орляк.

Около 300 видов растений используют как лекарственное и техническое сырье.

Богат видовой состав млекопитающих, содержащий 76 видов. Три вида млекопитающих появились в Хакасии в результате акклиматизации – заяц-русак, ондатра, американская норка, а бобр и кабан переселились с соседних территорий.

Красный волк, снежный барс и архар – исключительно редкие животные, они повсеместно занесены во все виды Красной книги. 28 видов млекопитающих охотничье-промысловые.

Поражает многообразием фауна птиц – 317 видов перелетных и залетных. Не представляют серьезного препятствия и суровые зимы. В зимний период здесь отмечено 110 видов.

45 видов птиц – охотничье-промысловые. Добывают в основном куриных – глухаря, рябчика, куропатку – и водоплавающих – преимущественно уток.

В водоемах Хакасии обитает 37 видов рыб, среди которых 26 видов-аборигенов и 11 акклиматизированных. Наиболее ценные промысловые: сибирский осетр, нельма, таймень, кета, горбуша, форель, хариус, ленок, пелядь, омуль, ряпушка.