Есть и еще одна черта, сближающая подход Фрейда с восточной мыслью, и в первую очередь с дзэн — буддизмом. Фрейд никогда не ставил во главу угла сознательное мышление, критически оценивая возможности современного человека. Главными же в психическом процессе, происходящем в человеке, он считал сильнейшие источники неведомых доселе бессознательных и иррациональных сил, по сравнению с которыми сознательное мышление практически несущественно, несопоставимо по значимости. Разработкой метода свободных ассоциаций Фрейд попытался осуществить прорыв сквозь пелену сознательного мышления и раскрыть истинную природу человека. Принцип свободных ассоциаций был призван стать альтернативой логическому, сознательному и формальному мышлению, открыть в человеке новые источники, берущие свое начало в бессознательном. Несмотря на все критические нападки, которым подвергалась фрейдовская концепция бессознательного, совершенно бесспорно, что Фрейд со своим принципом свободных ассоциаций как альтернативой логическому мышлению значительным образом изменил конвенциональный рационалистический образ мышления на Западе, приближаясь в своих изысканиях к восточной мысли, где подобные идеи были развиты в значительно большей степени.
Наконец отметим еще один аспект, отличающий метод Фрейда: проводя свой анализ, Фрейд мог работать с человеком на протяжении года, двух, трех, четырех, пяти, а то и более лет, что вызывало жесткую критику со стороны его оппонентов.