После константинопольской миссии наступил некоторый перерыв в военной карьере и дипломатической деятельности Кутузова. Он побывал на ответственных должностях: был казанским и вятским генерал-губернатором, командующим сухопутными войсками, командующим флотилией в Финляндии, а в 1798 г. ездил в Берлин в помощь князю Репнину, который был послан ликвидировать или хотя бы ослабить опасные для России последствия сепаратного мира Пруссии с Францией. Он, собственно, сделал за Репнина всю требовавшуюся дипломатическую работу и достиг некоторых немаловажных результатов: союза с Францией Пруссия не заключила.

Павел так ему доверял, что 14 декабря 1800 г. назначил его на важный пост: Кутузов должен был командовать украинской, брестской и днестровской «инспекциями» в случае войны против Австрии. Но Павла не стало; при Александре политическое положение постепенно стало меняться, и столь же значительно изменилось служебное положение Кутузова. Александр, сначала назначивший Кутузова петербургским военным губернатором, вдруг совершенно неожиданно 29 августа 1802 г. уволил его от этой должности, и Кутузов 3 года просидел в деревне, вдали от дел. Заметим, что царь невзлюбил его уже тогда, вопреки ложному взгляду, будто опала постигла Кутузова только после Аустерлица. Но, как увидим, в карьере Кутузова при Александре I в довольно правильном порядке чередовались опалы, когда Кутузова отстраняли от дел или давали ему иногда все же значительные гражданские должности, а затем столь же неожиданно призывали на самый высокий военный пост. Александр мог не любить Кутузова, но он нуждался в уме и таланте Кутузова и в его репутации в армии, где его считали прямым наследником Суворова.

В 1805 г. началась война третьей коалиции против Наполеона, и в деревню к Кутузову был послан экстренный курьер от царя. Кутузову предложили быть главнокомандующим на решающем участке фронта против французской армии, состоявшей под начальством самого Наполеона.