300 лет спустя на крайнем северо-востоке Тибета родился ребёнок, которому суждено было оставить неизгладимый след в духовной истории своей страны. Его имя - Дже Цонгкхапа (1357-1415). Когда 4-й Кармапа Рёлпе Дордже на некоторое время остановился в местности, где жил юный Дже Цонгхкапа, тот принял от него обеты мирянина и получил поучения. Кармапа сказал, что это "ребёнок, который принесёт большую пользу существам". Позже Цонгкхапа стал монахом, учился во многих монастырях, и, говорят, в общей сложности у него было 45 духовных учителей. В монастыре Ретинг, где он жил с 1402 по 1405 год, он изучал главным образом тексты традиции Кадампа, с которой у него была особая связь. Также он много путешествовал в качестве учителя по всему Тибету и у него было множество учеников, которых он наставлял о важности дисциплины и выдержки, ссылаясь при этом на стиль жизни своего первого учителя - Кармапы Рёлпе Дордже. Кроме всего прочего, он был также хранителем тантрических поучений.

В 1407 году Цонгкхапа основал новую школу тибетского буддизма - Гелугпа, что означает "добродетельные". Это название восходит к строгому образу жизни, который он пропагандировал: сексуальная воздержанность, отказ от алкоголя, мяса, материальных благ и т.п. В течение небольшого промежутка времени к Цонгкхапе присоединилась большая часть практикующих школы Кадампа, а также бывшие приверженцы других школ. Подчёркивая свою самостоятельность по отношению к уже существующим школам, ламы новой школы при совершении ритуалов стали надевать жёлтые шапки, а не красные, как это было принято в старых традициях - Ньингма, Кагью и Сакья. Поэтому их иногда также называют "жёлтошапочниками". В 1409 году Цонгкхапа основал монастырь Ганден недалеко от Лхасы. В последующие 10 лет его ближайшие ученики основали в той же местности монастыри Дрепунг и Сера. Позже эти три монастыря прослыли самыми крупными во всём Тибете (их населяло несколько тысяч монахов), и в конце концов они образовали так называемые "три столпа" - оплот власти линии Гелугпа в центральном Тибете.