Как только они туда прибыли, ребёнок занял тронное место Гендюна Друба и произнёс имена нескольких присутствовавших монахов. Реинкарнация прежнего настоятеля монастыря была, таким образом, найдена, и мальчик сразу же там остался. В одиннадцать лет он был посвящён в монахи, а в шестнадцать, как говорят источники, этот необыкновенный молодой человек мог выучить наизусть "100 строк текста за то же время, что понадобится для того, чтобы выпить чашку чая". Кроме того, он свободно импровизировал, сочиняя стихи на любую предложенную тему.

Спустя несколько лет, чтобы получить также и тантрические поучения, Гендюн Гьямцо поселился в монастыре Дрепунг.Здесь, наряду со всем остальным, он изучал наследие Миларепы. Однажды Гендюн Гьямцо получил приглашение от китайского императора, но от визита отказался - вместо этого он учредил несколько новых монастырей в Тибете. В 1509 году был заложен монастырь Метог Танг: расположенный на берегу озера Лхамо Лхацо, он стал известным благодаря тому, что у медитировавших в его окрестностях опытных йогинов часто возникали необыкновенные видения. За Метог Тангом последовала постройка монастыря Чокхоргьял - его основателем также является Гендюн Гьямцо.

Политическая ситуация в центральном Тибете первой половины XVI века была неясной. Рост числа гелугпинских монастырей там, где прежде доминировали монастыри других школ, вызывал подозрение у местных настоятелей и могущественных кланов. Переломным событием в ряду подобного рода столкновений стало внезапное победоносное нападение войск, посланных монастырём Дрикунг, на монастырь Олкха. В результате этот и 17 других монастырей были насильно обращены из Гелугпы в Дрикунг Кагью.

В другом конфликте успешно выступил посредником Гендюн Гьямцо. Последователи жёлтошапочников не имели права участвовать в традиционном празднике Мёнлам. Благодаря посредничеству Гендюна Гьямцо, который пользовался большим уважением со стороны других линий, запрет был снят: в последующие годы кагьюпинцы и гелугпинцы проводили праздник Мёнлам совместно.