Цонкапа не был похож на обычного ребенка. Он никогда не шалил, он инстинктивно действовал как бодхисаттва, был чрезвычайно разумным и постоянно стремился всё познать. В трёхлетнем возрасте он принял мирские обеты от Четвёртого Кармапы Ролпе Дордже (Kar-ma-pa Rol-pa’i rdo-rje) (1340-1383). Вскоре после этого его отец пригласил в свой дом Чодже Дондруба Ринчена. Лама предложил позаботиться об образовании мальчика, и отец с радостью согласился. До семи лет мальчик оставался дома, обучаясь у Чодже Дондруба Ринчена. Наблюдая за тем, как читает лама, он научился читать сам, хотя специально этому не обучался.

За это время Чодже Дондруб Ринчен дал мальчику посвящения Пяти божеств Чакрасамвары (Dril-bu lha-lnga), Хеваджры, Ямантаки и Ваджрапани. В семилетнем возрасте он уже запомнил их полные ритуалы, завершил ретрит Чакрасамвары, делал самопосвящение и имел видение Ваджрапани. Он часто видел во сне Атишу (Jo-bo rJe dPal-ldan A-ti-sha) (982-1054), и это было знаком того, что он исправит неверные толкования Дхармы в Тибете и восстановит её чистоту, объединив сутру и тантру, как это сделал Атиша.

В семилетнем возрасте Цонкапа принял обеты монаха-послушника от Чодже Дондруба Ринчена, получив имя Лозанг Драгпа. Он продолжал обучаться в Амдо у этого ламы, пока ему не исполнилось шестнадцать. Тогда он отправился в У-Цанг (dBus-gtsang, Центральный Тибет) для дальнейшей учебы. Он никогда не возвращался на родину. Чодже Дондруб Ринчен остался в Амдо и к югу от Кумбума основал монастырь Джакхьюнг (Bya-khyung dGon-pa).

Раннее обучение в Центральном Тибете

В Центральном Тибете Цонкапа сначала учился в монастыре дрикунг-кагью, где он изучал традицию махамудры школы дрикунг, которая называется «обладающая пятью» (phyag-chen lnga-ldan), медицину и углублял свои знания о бодхичитте.