Вместе с Ламой Умапой Цонкапа сделал обширный ретрит по практике Манджушри. С этого времени Цонкапа в чистых видениях получал от Манджушри прямые указания и ответы на все свои вопросы. До этого ему приходилось задавать вопросы Манджушри через Ламу Умапу.
В течение ретрита Цонкапа чувствовал, что всё ещё не имеет надлежащего понимания мадхьямаки и Гухьясамаджи. Манджушри посоветовал ему совершить длительный ретрит для того, чтобы понять замечания, которые он делал к указаниям Манджушри. Таким образом, после кратковременного обучения Цонкапа вместе с восьмью ближайшими учениками ушёл в четырёхлетнее затворничество в Олкха Чолунг (‘Ol-kha chos-lung). Они тридцать пять раз выполнили стотысячную практику простираний, по одному перед тридцатью пятью буддами раскаяния, и восемнадцать раз стотысячную практику подношения мандалы со многими самопосвящениями Ямантаки и изучением «Аватамсака-сутры» (mDo phal-cher) о деяниях бодхисаттвы. После этого у них было видение Майтрейи.
После ретрита Цонкапа и его ученики восстановили большую статую Майтрейи в Лхасе. Это было первое из четырёх его главных деяний. Затем они ушли в ретрит ещё на пять месяцев. После этого Цонкапу пригласил ньингмапинский лама Лхадраг Намка Гьялцен (Lho-brag Nam-mkha’ rgyal-mtshan), который постоянно имел видения Ваджрапани, и они также стали друг другу учителем и учеником. Он передал ему ламрим традиции кадам и устные линии передачи руководящих наставлений.