После продолжительного обучения Цонкапа снова ушёл в ретрит – на сей раз с учителем Рендавой – и написал большую часть «Ламрима ченмо». Во время ретрита у него было видение Атиши и мастеров линии передачи ламрима, которое длилось месяц и стало ответом на многие вопросы Цонкапы. Затем он продолжил изучать шесть практик Наропы и махамудру в традиции дрикунг-кагью. После этого во время сезона дождей он искусно преподавал Винайю (‘dul-ba, правила монашеский дисциплины). Это считается его вторым великим деянием.

Закончив «Ламрим ченмо», Цонкапа решил более полно преподавать тантру. Однако сначала он написал обширные комментарии к обетам бодхисаттвы и «Пятьдесят строф об учителе» (Bla-ma lnga-bcu-pa, санскр. Гурупанчашика, «Пятьдесят строф почитания учителя»), чтобы положить их в основу практики тантры. Продолжая преподавать, он написал «Нгагрим ченмо» и много комментариев на Гухьясамаджу. Он также написал комментарии на Ямантаку и на тексты Нагарджуны по мадхьямаке.

Китайский император предложил ему стать своим наставником, но Цонкапа извинился, сказав, что он слишком стар и хотел бы остаться в ретрите.

В течение следующих двух лет Цонкапа широко преподавал ламрим и тантру и написал «Сущность великолепного объяснения интерпретируемого и безусловного смыслов» (Drang-nges legs-bshad snying-po) о безусловном и интерпретируемом смысле принципов махаяны. Затем в 1409 году в возрасте пятидесяти двух лет он учредил великий молитвенный фестиваль Монлам (sMon-lam chen-mo) в храме Джокханг (Jo-khang) в Лхасе.