Сталин сосредоточил в своих руках контроль над Советским Союзом. В 1929 г. он приступил к осуществлению своей программы коллективизации и искоренения религии, не сделав исключения и для буддийского населения СССР. Вскоре его примеру последовала и Монголия, где сталинская политика проводилась даже еще более фанатично и агрессивно. Доржиев сообщил Далай-ламе обо всем происходящеем, убеждая его не доверять Советам. В Монголии многие монахи воспротивились гонениям, начав так называемую Шамбалинскую войну 1930–1932 гг. В 1932 г. Сталин ввел в Монголию части Советской армии, чтобы подавить восстание и исправить «левацкий уклон» в Коммунистической партии Монголии.

Завоевание японцами Маньчжурии и восточных районов Внутренней Монголии, произошедшее чуть раньше в том же году, и образование на оккупированных территориях марионеточного государства Маньчжоу-го также повлияло на решение Сталина. Он был обеспокоен возможными попытками Японии привлечь на свою сторону буддистов Бурятии и Внешней Монголии, стран, которые могли бы выступить потенциальными субъектами буддийской империи. Вдобавок к этому Монголия была нужна Сталину в качестве буферного государства между Советским Союзом и растущей Японской империей. Итак, Сталин распорядился, чтобы в течение двух последующих лет проводившаяся в Монголии антирелигиозная программа была приостановлена во избежание перехода буддийского населения в японский лагерь.

Провозгласив переход к политике «нового поворота», Коммунистическая партия Монголии даже позволила вновь открыть несколько буддийских монастырей. Использовав информацию об официальном признании буддизма в Монголии в пропагандистских целях, ОГПУ запланировало на зиму 1933–1934 гг. еще одну экспедицию в Тибет. Однако эта экспедиция так и не состоялась, ибо Сталин внезапно передумал и со временем занял более жесткую позицию по отношению к буддизму.

В 1933 г. Япония расширила границы Маньчжоу-го, захватив город Джехол (Чонгду) на юге Маньчжурии. Джехол был летней столицей маньчжурской династии, пытавшейся сделать этот город центром тибето-монгольского буддизма под управлением цинской династии. В конце 1933 г. Сталин запретил проведение открытых ритуалов в санкт-петербургском храме Калачакры. Однако настоящие гонения и в Советском Союзе, и в Монголии начались после убийства правой руки Сталина — Кирова — в 1934 г. Это убийство положило начало «большой чистке».