Спустя несколько месяцев в Маньчжурии началась Русско-японская война (1904–1905), в которой царские войска потерпели поражение. Далай-лама попрежнему находился в Монголии, поскольку в 1906 г. Британия подписала с Китаем договор, подтверждающий власть Китая над Тибетом. Вскоре этот договор стал предлогом для попыток Китая аннексировать Тибет. Далай-лама вновь послал Доржиева к императорскому двору России с просьбой о военной помощи.

В 1907 г. Доржиев представил вице-президенту Российского географического общества П. П. Семенову-Тян-Шанскому доклад, озаглавленный «О сближении России, Монголии и Тибета». В этом докладе он призывал к объединению трех государств и созданию на их основе великой буддийской конфедерации. Российские официальные лица категорически отвергли этот проект.

Подписав англо-русский договор 1907 г., Британия и Россия отказались от вмешательства во внутренние дела Тибета, обязавшись отныне действовать лишь через посредство Китая. Неустрашимый Доржиев в 1908 г. вновь направил в российское Министерство иностранных дел прошение о строительстве в Санкт-Петербурге храма Калачакры; первое прошение Доржиева, поданное в 1899 г., было отвергнуто властями. Однако на этот раз царь поддержал идею Доржиева. Это произошло в 1909 г.

В конце 1909 г. Далай-лама ненадолго вернулся в Лхасу, но вскоре туда вошли китайские войска. В начале 1910 г. Далай-лама бежал в Индию и жил под британским покровительством в городе Дарджилинг на юге Сиккима. Там он подружился с сэром Чарльзом Беллом, увлекшим правителя Страны снегов идеями о модернизации жизни в Тибете.

События после китайской народной революции 1911 г