В 1841 году, в Киеве принял постриг с именем Феофан, в том же году рукоположен в иеродиакона и иеромонаха. Затем была служба инспектором в нескольких духовных учебных заведениях, ректорство в Санкт-Петербургской духовной академии; поездки в Палестину в составе русской духовной миссии и в Константинополь в должности настоятеля посольской церкви (во время этих поездок происходит углубленное изучение аскетической письменности православного Востока). 1 июня 1859 года в Троицком соборе Александро-Невской Лавры была совершена хиротония и наречение святителя Феофана во епископа Тамбовской епархии, затем последовало перемещение на древнюю, более обширную Владимирскую кафедру… Таков краткий очерк его внешнего жизненного пути, полного неустанной разносторонней и всегда успешной и плодотворной деятельности на благо Церкви и Отечества. Внутренний же путь, каким шла сокровенная духовная жизнь святителя, привел к тому, что в 1866 году, находясь на самом, казалось бы, "взлете" практической деятельности, епископ Феофан неожиданно подал в Священный Синод прошение об увольнении его на покой с правом пребывания в Вышинской пустыни Тамбовской епархии. Прошение было удовлетворено, и он, наконец, получил то, к чему давно чувствовал свое главное духовное призвание: полное отрешение от житейских дел, уединение, неразвлекаемое "внутреннее делание". В письмах своих он свидетельствовал, что поистине счастлив в Выше: "Вышу можно променять только на Царство Небесное". Уйдя в затвор, он устроил в своих келиях малую церковь во имя Крещения Господня и проводил жизнь в богослужении и молитве, в подвигах телесных и духовных, в тщательном самонаблюдении, в трезвении и бодрствовании, в напряженном чтении и богомыслии, в трудах писательских…

Весь этот величайший и поистине бесценный опыт, накопленный на разнообразных жизненных поприщах, и особенно в годы затвора, был мобилизован святителем в его огромной переписке с многочисленными корреспондентами, среди которых были представители всех сословий, от сановника до крестьян. Ежедневно почта приносила от 20 до 40 писем, и епископ Феофан обязательно отвечал на каждое из них, чутко угадывая состояние и потребности писавшего и находя для каждого идущее прямо к сердцу, необходимое слово. Он обладал редким даром просто, ясно, лаконично говорить о самых сложных предметах, о самых глубоких и премудрых вещах.