В Доме Трудолюбия имелась домовая церковь во имя св. Александра Невского. Прежде чем устроить эту церковь, о. Иоанн, как и при устройстве Дома Трудолюбия, испытал массу всевозможных неприятностей от своих врагов и препятствий с разных сторон, но Господь вознаградил его терпение, и новая церковь вскоре стала чрезвычайно богата ризницей и церковной утварью. И пожертвования постоянно притекали.

В 1888 г. о. Иоанну удалось заложить и отстроить каменный трехэтажный дом для ночлежного приюта.

19 мая 1891 г. была сделана закладка третьего здания: «Странноприимного дома». По мысли о. Иоанна цель этого учреждения - дать бедному люду пристанище во время приезда в Кронштадт к о. Иоанну за молитвой и советом. Странноприимный дом, здание громадное - в четыре этажа, построен во дворе Дома Трудолюбия. Молебствие при закладке совершал сам о. Иоанн и первый камень был положен им же.

Дом Трудолюбия - это целый город, полный самой кипучей, разносторонней и осмысленной деятельности. Попечительство Дома Трудолюбия состояло из лиц, принадлежавших ко всем классам общества, начиная от самого высшего и кончая самым низшим. Между ними не было никакого разделения. Здесь все люди сливались в одну семью и дружно работали вместе. Нужда и горе у всех людей одинаковы.

Деятели попечительства совершали великое, святое дело благотворительно-просветительной помощи, не задаваясь никакими партийными целями и счетами. Они благотворили всем: и образованным, и необразованным, лицам православного и инославного исповеданий. Рука дающего не спрашивает того, кто нуждается, о его взглядах и верованиях, а помогает нуждающемуся. И они помогли многим из тех, которые не питали хороших чувств к православию, а после того стали относиться к нему иначе.

Жена псаломщика о. Иоанна Александра Алексеевна Бабенко рассказала, что, воздвигая Дом Трудолюбия, о. Иоанн прежде всего построил странноприимницу, исполняя то, что любил говорить: «Дай неимущему прежде всего крышу».