Мусульманство во времена атеистических гонений понесло значительно меньшие утраты. Стойкость Ислама обусловлена особенностями его внутреннего устроения. В мусульманстве любой сведущий в вероучении человек может возглавить религиозную общину: нет Таинства посвящений духовенства, нет иерархических степеней, без которых не может сущестовать Православная Церковь, нет и иных христианских Таинств, для совершения которых необходимы священник и храм. От атеистических гонений Ислам укрылся в потаенных общинах, скрылся в семьях, где роль вероучителей выполняло старшее поколение. На атеизм в мусульманских регионах смотрели как на навязанную извне официальную идеологию, проводили показные «атеистические мероприятия», но, например, даже секретари ЦК среднеазиатских компартий и местные министры в быту выполняли требования Ислама, и хоронили их по мусульманским обычаям. Поэтому после обретения свободы совести не было необходимости возрождать Ислам: он просто вышел на поверхность. Так, в Центральной Азии стремительно (за два-три года), повсюду были восстановлены мечети, не только при действенной государственной поддержке, но главное — благодаря единодушному национальному порыву.

Однако велик был и ущерб, нанесенный Исламу атеистическим режимом. Мусульманские верующие — в массе — утратили глубину знаний не только о тонкостях, но и об основах Ислама. Пришла в упадок мусульманская ученость. И когда в новых условиях возникла нужда в повышении образованности мусульманского духовенства, религиозные знания поначалу можно было получить только за границей. В заполнении этого «духовного вакуума» саудовский ваххабизм проявил особую активность.

Восстанавливающимся мусульманским общинам не просто предлагалась, но чуть ли не навязывалась помощь финансами и литературой — с единственным, впрочем, условием: чтобы получатели помнили, откуда эта помощь поступила.