На своей территории Таджикистан имеет собственную «беззаконную Чечню» — области, не контролируемые правительством, где господствуют талибские банды. Таковы горные районы на востоке страны: Каратегинский, Гармский, Джиргитальский и другие, захваченные различными полевыми командирами и превращенные в базы торговли наркотиками и оружием. На этой территории уже создается собственная наркоиндустрия: открыта героиновая фабрика в Шаркузи, действует и еще ряд лабораторий по производству героина. Эту зону Талибан использует в качестве плацдарма для продолжения скрытой агрессии как против Таджикистана, так и против других государств Центральной Азии.

Репетицией интервенции в августе 1999 года стало вторжение части бандформирований, находящихся в распоряжении узбекского уголовника Джумы Намангани, в Баткенский район Киргизстана. Целью бандитов было провозглашено восстановление Кокандского ханства, то есть захват Ферганской долины — Ошской области Киргизстана, Андижанской, Наманганской и Ферганской областей Узбекистана. Разумеется, интервенция велась под прикрытием «зеленого знамени джихада», однако мирные киргизские дехкане увидели в явившихся к ним «воинах Аллаха» убийц, грабителей и наркоманов. Руководство действиями бандитов в Баткене велось непосредственно из талибских центров Кабула и Кандагара. Разумеется, действуя «ограниченным контингентом» своих ставленников, Талибан не мог расчитывать на масштабный успех агрессии, но кровопролитие длилось несколько месяцев, вызывая тревогу в обществе и напряженность в отношениях между государствами Средней Азии. Талибская вылазка в Баткен имела успех в качестве провокации: Узбекистан (может быть, в слишком жесткой форме) предъявил законные претензии Таджикистану, не сумевшему пресечь проникновение банды со своей территории в соседнюю страну и дальнейшую подпитку бандитов с таджикистанских баз, и Киргизстану, вместо уничтожения бандформирования просто вытеснившему его опять в таджикистанские горы, откуда в любой момент можно вновь ожидать вылазки экстремистов. Следствием этих заявлений стали дипломатические трения. Между тем перед лицом нависшей над регионом страшной талибской угрозы государствам Центральной Азии жизненно необходимы взаимопонимание и единство действий.