На прочтение одной молитвы у старца уходило весьма долгое время. Он вообще предпочитал краткие молитвы, как отчаянные сердечные вопли, а длинные, которых, впрочем, немало среди его собственных молитв, он советовал разделять на части, так как внимание наше не выдерживает чрезмерного напряжения, и нам нужны перерывы. «Кто может чисто молиться два часа, — говорил он, — у того непрестанная молитва. Два часа — это мера совершенных».

Драгоценным и необходимым условием для молитвы и для христианской жизни вообще старец считал вдохновение, к которому он часто возвращался в беседах. Он имел в виду то состояние, когда молящемуся человеку открывается в Духе Святом непостижимый Образ Христа-Бога, Который святою красотою Своею и непорочным совершенством Своим пламенно влечет душу уподобиться Ему. В молитве, как и в прочих аспектах жизни, принцип подвижника состоял в том, чтобы возвести ум и сердце человека именно к этой последней цели, к тому совершенству, к которому все призваны во Христе и которое выражено, по словам преп. Серафима, в «стяжании Святого Духа». Поэтому критерием того или другого молитвенного делания отец Софроний считал умножение в нас познания путей спасения и смиренного духа Христовой любви. «Когда вы говорите с людьми, не останавливайтесь на маленьких вещах. Надо их поставить перед глубокими вопросами. Так надо лечить людей: показать им вечный свет Слова Христова».

«Весь смысл жизни в том, чтобы ум наш и сердце жили Богом; чтобы Бог стал нашей жизнью. Этого Он только и ищет. Для этого мы и созданы, чтобы жить Его жизнью, и при том во всей ее беспредельности... Это слово может нас пугать, когда мы видим наше настоящее жалкое состояние, но это так, и веру эту не надо терять. Одна из наибольших опасностей — снизить и умалить замысел Божий о человеке. Всякое наше страдание, даже неправое, знает Бог. Знает, и сострадает нам. С Ним необходимо установить “личные” отношения; почти “человеческие”... Я надеюсь, что ты меня понимаешь. Понимаешь, что под этим я разумею внутреннюю, интимную связь с Богом. Ибо к жизни в Нем призван весь человек, то есть не только его высшая способность созерцания — “дух”, но и чувства — “душа”, и даже тело».