Для этого понадобилось специальное разрешение св. Патриарха Тихона, т.к. служение иеромонахов на приходах обычно не допускалось. В начале 1921 г. о. Арсений стал вторым священником, а в конце 1921 г., когда настоятель храма отец Павел был переведен и вскоре арестован, настоятелем стал отец Арсений. За восемь лет служения он собрал в своем храме значительную общину, для которой стал любимым пастырем и духовником. В 1927 г. в конце декабря отец Арсений был первый раз арестован и выслан в Архангельскую область на два года. После окончания срока ссылки отец Арсений служил в подмосковном храме (за пределами стокилометровой зоны). В 1931 г. – опять был арестован и сослан в Вологодскую область на пять лет. Теперь отец Арсений получил разрешение жить в Вологодской, Архангельской и Владимирской областях. Служить в храме было нельзя, служил дома. Несколько раз тайно приезжал в Москву, встречался с владыкой Афанасием (Сахаровым), просил его рукоположить нескольких своих духовных чад в священный сан, на что получил согласие владыки Афанасия. Тайно окормлял свою духовную общину. Затем – третий арест в 1939 г., новая ссылка в Сибирь, потом – на Урал. Около года отец Арсений пробыл в ссылке в с. Троицкое Архангельской обл. В мае 1940 г. – был вновь арестован и заключен в Уральский лагерь. В марте 1941 г. переведен в лагерь усиленного режима, переписка и приезды духовных чад почти прекратились, а в 1942 г. – в лагерь особого режима, где переписка и посещения окончательно были запрещены. Только весной 1958 г. отец Арсений был освобожден из лагеря особого режима и поселился в г. Ростове Великом у Надежды Петровны. Скончался отец Арсений в 1975 г. и был погребен на кладбище г. Ростова. На могиле его был положен гранитный камень с надписью:

Отец Арсений

1894-1975

Потом этот камень исчез; в каком состоянии и где находится могила, теперь неизвестно, т. к. все, кто ухаживал за нею, уже скончались.