Резидируя в России и оставаясь одновременно «КПльским—Вселенским», он содействовал бы укреплению мира между Россией и Турцией. На благоустройство обедневшей греческой церкви перевел бы много материальных средств из Москвы, развил бы греческое просвещение в Московии и, может быть, и навсегда сделал бы ее «вторым седалищем» (κάθισμα) кафедры вселенского патриарха. Таким образом, под видом возвеличения русской церкви, вновь лишил бы ее по существу ее фактической автокефалии, поглотил бы ее в лоне Вселенского патриархата, как поглощена Болгарская (Ахридская) архиепископия. А может быть и просто, замученный бедностью и гонениями в Турции, патриарх ослепился блеском московского царства и соблазнялся в покое кончить дни свои в православном царстве. Скорее, как у грека, у него были первые, широкие мотивы.

Но для русских «зацепка» за согласие Иеремии «остаться» была только предлогом, чтобы извлечь отсюда некую выгоду в пользу своего замысла. Позволить «проглотить», «утопить», и «продешевить» честь своей Московской кафедры русские не могли. А потому они недальновидному Иеремии ответили: — «хорошо, ты будешь нашим и вселенским патриархом. Но московская кафедра занята нашим митрополитом, поэтому ты будешь жить во Владимире, как древнем и формально «первом седалище» (κάθισμα) русской церкви (после Киева, формально признанного таковым в ХIV в. КП патриархией). Этим русские не лишали бы царя возможности привлекать к делам государственным и в Боярской Думе, и приватно, своего собственного отца духовного и патриота, митр. Московского, а чужака и оттоманского подданного — патриарха удалили бы от дел национально-русских. Иеремия разумеется понимал это, но не до конца и наивно продолжал вносить свои поправки.

С этого момента двор повел с Иеремией более настойчивые переговоры.

В начале января 1589 г. царь собирает Думу и в ней держит речь, резюмируя историю отношений русской митрополии к КПлю. Он доводит ее до настоящего провиденциального прихода в Москву самого КПльского патриарха.