Главным объектом критики Иринея были многочисленные гностические учения (ереси), которые особенно широко распространились во II в. (им близко учение Маркиона). В противовес их писаниям Ириней выдвигает в качестве единственно истинных четыре евангелия. Он особенно активно защищал подлинность четвертого евангелия, тем самым косвенно свидетельствуя, что оно не было признано повсеместно и вызывало споры: «Четыре есть евангелия, не больше и не меньше, и только пустые, неученые и наглые люди, извращая форму евангелия, вводят их больше или меньше» (111.11). В противовес этим истинным евангелиям Ириней упоминает «несказанное множество апокрифических и подложных писаний» (1.20). Употребленное им слово «апокрифические» впоследствии было распространено на все не признанные церковью христианские книги. Появление этого термина связано с религиозно-философским течением гностицизма (о гностицизме подробнее см. во II части книги). Гностики сами называли свои писания тайными (они даже применяли криптограммы), предназначенными только для «избранных».

Гностики, о которых писал Ириней, пользовались сложной символикой образов, придавали магическое значение числовым сочетаниям, которые тоже могут быть постигнуты только «избранными» и останутся тайной для непосвященных. Именно такой подход и дал основание Иринею назвать сочинения гностиков апокрифами, а так как он полемизировал с гностиками, стремясь доказать, что они искажают подлинное учение Христа, то для него их сочинения, также написанные от имени апостолов, были не только тайными, но и подложными. Такое же словоупотребление (тайные — подложные) встречается у Тертуллиана, христианского философа рубежа II и III вв. В конце II в. встречается выражение «Новый завет» как название собрания признанных священными книг.