Вначале христиане колебались, какой же из двух канонов почитать за священный. Но поскольку отцы церкви читали Библию в греческом переводе (то есть александрийский вариант), то во времена Августина (умер в 430 г.) христианство окончательно выбрало за основу более обширный александрийский канон.

Реформаторы XVI в. вернулись к палестинскому канону и отвергли вставки из александрийского собрания. Протестанты до сих пор придерживаются палестинского канона. Католическая церковь на Тридентском соборе высказалась за священный характер александрийского канона (его же придерживаются и православные церкви). Начиная с XVI в., учитывая разночтения двух канонов, тождественные книги этих собраний считают протоканоническими, а те книги, которые имеются лишь в александрийском списке,- второканоническими. Протестанты относят второканонические книги Ветхого завета к апокрифам.

Канон Ветхого завета складывался на протяжении длительного времени. Во фрагменте Муратори, появившемся в конце II в., подчеркивается необходимость отличать книги священного писания от нечистых, равно как книги, используемые в литургиях, от книг, которые в литургии не читают. Христианский автор Евсевий (умер в 340 г.) перечисляет книги, признанные церковью, а также те списки, которые вызывают сомнение или вообще подозрительны по содержанию.

В конце IV в. вспыхнули споры вокруг канонизации книг Нового завета. К этому времени было официально принято 27 книг Нового завета, которые используются и поныне. Они также называются протоканоническими, а канонизированные позднее - второканоническими. К последним относятся Послание к евреям, Послание Иакова, Второе послание Петра, Второе и Третье послания Иоанна, Послание Иуды и Книга Откровения.