Чтобы избежать ареста, Мохаммед Али скрылся, предварительно передав часть кодексов Аль Куммусу Базилиусу Абдель Масиху, местному священнику. Тот послал один из кодексов египетскому историку Рахибу, который немедленно забрал находящуюся у Абдель Масиха часть коллекции и переправил ее в Коптский музей в Каире, где их изучал французский египтолог Жан Доресс.
Другая часть книг досталась бандиту Бахиж Али, проживавшему в той же деревни, что и Мухаммед Али Самман. Одну часть книг Бахиж Али продал на черном рынке, а другую – Фосиону Тано, каирскому коллекционеру и торговцу древностями. И хотя египетские власти вскоре вышли на Тано, тот уже успел перепродать книги жившей в Каире итальянке мисс Даттари. В 1952 году, когда собрание кодексов было объявлена национальным культурным достоянием, книги были изъяты из коллекции мисс Даттари и перешли в Коптский музей.
Проданная Бахижем Али на черном рынке часть книг была приобретена торговцем древностями Альбертом Эйдом, который скрыл от египетских властей первый кодекс и тайно вывез его из страны. Не обнаружив заинтересованности среди коллекционеров в Соединенных Штатах, Альберт Эйд положил книгу в банковский сейф в Бельгии. После его смерти книги перешла его жене, а от нее – профессору Джайлсу Квиспелу, который приобрел книгу через фонд Юнга в Цюрихе, чтобы подарить на день рождения известному психоаналитику Карлу Густаву Юнгу.
Принципиальный вопрос, который задает себе большинство исследовавших проблему ученых, связан с определением точного количества найденных в Наг-Хаммади рукописей. По утверждению Мухаммеда Али в найденном им сосуде находилось тринадцать книг. Но сегодня тринадцатым кодексом называют восемь листов папируса, которые еще в древности были вырезаны и вставлены в переплет кодекса VI. По мнению ученых, кодекс XIII нельзя считать одной из тринадцати отдельных книг, найденных в 1945 г., так как тогда он был частью кодекса VI. Существует предположение, что XIII кодекс мог быть сожжен Умм Ахмад, но на данный момент это мнение не имеет подтверждений. Более того, существуют свидетельства обратного – указывающие на вероятность того, что XII кодекс все-таки существует и находится в руках частных коллекционеров.