Но только впоследствии, в годы изгнания, в годы горького, но нераскаянного, а скорее оскорбленного раздумья над своею «трагической» судьбой, он делает попытку высказаться если не систематически, то принципиально. Это его знаменитая «Книга Гераклида», Теgourtа Неrаclidis, сравнительно недавно открытая в сирийском переводе, — скорее апологетический памфлет, нежели богословское исповедание. Эта поздняя исповедь показывает, что Несторий не изменился и под отлучением. Он весь в полемике с Кириллом и Ефесскими отцами. И по этой книге всего легче понять Нестория, — и понять не только догматическую, но и историческую правоту Кирилла. Существо дела, конечно, не в споре об имени: Богородица, но в основных христологических предпосылках Нестория. Он продолжает Феодора, и — можно сказать, досказывает его мысли.

Основное понятие Нестория, это понятие лица, πρόσωπоν. Βо первых, «естественное лицо», принцип индивидуальности, πρόσωπоν φυσικόν, — термин, по-видимому, принадлежит самому Несторию. Всегда «совершенная природа» самодостаточна, имеет в себе достаточное основание для существования и устойчивости, есть индивидуум, — в этом Несторий был последовательным аристотеликом: только конкретное, индивидуальное реально в его глазах, общее и родовое (Аристотелевская «вторая сущность») для него есть только отвлеченное понятие. Отсюда Несторий заключает, что во Христе и Божество и человечество существовали каждое в своих свойствах, в своей ипостаси и в своей сущности; и человечество во Христе настолько полно, что могло жить и развиваться само о себе… Таким образом «две природы» для Нестория означало практически «два лица». И которых, «лицо соединения», — πρόσωπоν τής ένώσεως, — единое Лицо Христа, unа personа Unigeniti. Весь смысл учения Нестория в том, как определяет он отношение этих понятий и обозначаемых ими фактов, реальностей. Несторий разделяет в Христе «две природы», соединяя их в «поклонении», — χωρίζω τάς φύσεις, αλλ' ένώ τήν πρоσκύνησιν.