Через 2 года после вступления в монастырь Прохор тяжко заболел водянкою: он весь распух и большею частью лежал в келье неподвижно. Недуг продолжался около трех лет. Игумен Пахомий и старец Иосиф, горячо полюбившие послушного инока, с любовью ухаживали за ним. Не видя улучшения и даже боясь за смертельный исход болезни, о.Пахомий предложил пригласить врача. Но Прохор кротко ответил ему: “Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу и Пречистой Его Матери; если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством, причастием Святых Тайн”.

Старец Иосиф с усердием отслужил бдение и литургию о здравии болящего, исповедал и причастил его в келье. После этого Прохор быстро выздоровел.

Впоследствии он сам рассказал многим, что после Святого Причастия ему явилась в несказанном свете Пречистая Богородица с апостолами Петром и Иоанном Богословом и, обратившись лицом к апостолу Иоанну, изрекла, указывая на болящего:

“Сей – от рода нашего! (т.е. небесного)”; “Затем, – повествует с его слов монахиня Капитолина, – правую-то ручку, радость моя, положила мне на голову, а в левой ручке держала жезл; и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то и сделалось углубление, матушка; вода-то вся в него и вытекла. И спасла Царица Небесная убогого Серафима. А рана пребольшая была; и до сих пор яма-то цела, матушка: погляди-ка, дай ручку”. И батюшка сам, бывало, возьмет, да и вложит мою ручку в яму; и велика же она была у него: так вот весь кулак и взойдет”.

Так чудесно исцелился Прохор. Другим же, а особенно мирянам, он разрешал и лечиться. Спрашивавшему его об этом некоему Богданову дал такой совет: “Болезнь очищает грехи. Однако же воля твоя – иди средним путем: выше сил не берись, упадешь, и враг посмеется тебе. Аще юн сый, удержись от высоких”, то есть, подвигов и намерений. “Однажды диавол предложил праведнику прыгнуть в яму. Тот было и согласился; но святой Георгий Победоносец удержал его”