Это был консерватор, который, по характеристике К. Леонтьева, «умерщвлял все живое, что появлялось вокруг него». В то же время для народа Победоносцев был тем, кто отстаивал традиционные формы церковной жизни. В каком–то смысле слова, у него был менталитет протестанта, который ценил Православие как форму культурно–исторического самовыражения Русского народа, и это делало его, сильнейшего юриста, совершенно равнодушным к аргументам иерархов, говоривших о неканоничности синодальной системы. В ответ на возражение Победоносцева в марте 1905 года появляется записка Витте, подготовленная для него профессорами Духовной Академии, в которой очень четко развенчивается аргументация Победоносцева.

Между митрополитом Антонием и Победоносцевым возникает конфликт. Победоносцев считает, что митрополит Антоний интригует против него, и настаивает на том, чтобы обсуждение церковных проблем было перенесено в Синод, а Особое Совещание — упразднено. Он надеялся, что в Синоде все архиереи выступят вместе с ним против митрополита Антония.

Вопрос был перенесен в Синод, который, однако, не оправдал надежд Победоносцева. 22 марта 1905 года в Синоде была составлена записка к Государю. В записке Синод, ссылаясь на каноны (например, 4–е и 5–е постановления Никейского Собора, где говорится о созыве Поместных Соборов каждые полгода), обосновывал необходимость созыва Поместного Собора, на котором необходимо избрать Патриарха. Состав Синода должен быть изменен, избираться он должен на Соборе и действовать как орган при Патриархе, а не при Государе. Победоносцев был обескуражен тем, что Синод, столько лет бывший ему полностью послушным, выступил против него.

31 марта Николай II, познакомившись с запиской синодалов, наложил резолюцию о готовности созвать Собор в благоприятное для сего время. Я думаю, что тогда это не было отговоркой. Император действительно поддержал идею созыва Собора, но ситуация в стране была очень сложная.

Победоносцев, увидев, что Император готов пойти навстречу сторонникам Собора, решил опереться на епархиальных архиереев.