В 1860 году Александр закончил Тамбовское Духовное училище и поступил в Тамбовскую Духовную Семинарию. Там он нередко читал часы на службах у святителя Феофана Затворника и окормлялся именно у него. Вообще, у них было что–то общее в характерах, а именно — духовная трезвость.

В 1866 году, будучи 20 лет от роду, Александр поступил в Казанскую Духовную Академию. Семья его была бедна, его приняли казенным стипендиатом. Учился он весьма успешно и в 1870, заканчивая Академию, защитил магистерскую диссертацию. Он написал курсовое сочинение, которое было выдвинуто, исходя из его основательности, сразу на соискание степени магистра богословия. Специализировался Александр Вадковский по кафедре гомилетики. В 1871 году он остался доцентом на этой кафедре. Одновременно Александр работает не только как преподаватель, но и как ученый, и как редактор солидного журнала «Православный собеседник». Начался его путь академического профессора. Большая часть профессоров тогда в Казанской Духовной Академии были мирянами. Это характерная особенность для Духовных школ того периода времени.

В 1872 году Александр Вадковский вступил в брак с Елизаветой Дмитриевной Пеньковской. Брак это был уникален. Молодой 28–летний доцент взял на себя тяжелый крест — его жена была тяжело больна туберкулезом, и он знал, что она обречена на смерть. Для благочестивого православного человека жениться на человеке смертельно больном — это тяжело еще и потому, что нормальный православный человек не думает, вступая в первый брак, о втором браке. Так что это был, действительно, поступок незаурядный. У него родилось двое детей, но через 7 лет его жена скончалась. Правда, его академическая карьера складывалась весьма неплохо, он к этому времени был уже экстраординарным профессором. Перечень ученых званий в Высших учебных заведениях в России был довольно многообразным: приват–доцент, адъюнкт–профессор, экстраординарный профессор, ординарный профессор, заслуженный ординарный профессор. Поскольку каждому профессорскому званию соответствовал определенный чин, то Александр в тот период времени должен был получить чин статского советника. За этим стоял определенный общественный статус и материальное обеспечение.