За короткий промежуток пребывания его на кафедре число приходов в Финляндии возросло с 23 до 37 (это говорит о том, насколько слабые были позиции Православия в Великом княжестве Финляндском), было создано два журнала на русском и на финском языках, начала работу комиссия по переводу богослужебных книг на финский язык. Антоний создал первый женский монастырь в Финляндии, но главным своим делом, исходя из специфики религиозной жизни финнов–лютеран, он считал церковное просвещение. Весьма успешно создавались церковно–приходские школы (70 школ на 37 приходов), начался процесс постепенного обращения финнов в Православие, процесс очень медленный, который существенно не повлиял тогда на религиозную ситуацию в Финляндии, но по существу этот процесс сделал впоследствии неизбежным возникновение существующей и ныне Финской Православной Церкви.
Исходя из специфики миссии в лютеранской стране, большое значение Антоний Вадковский уделял благотворительности. Он создал епархиальное попечительство (богадельню для православного духовенства и его семей). Но при этом он не растворился в деятельности внешней, социально–просветительской, а оставался монахом. Короткие периоды отдыха архиепископ Антоний проводил в Ильинском скиту на одном из островов Ладожского озера, где жил в простой монашеской келье, как простой монах, совершая монашеское правило.
Пребывание в Финляндии не изолировало архиепископа Антония от высшего церковного управления. В 1893 году он возглавил комиссию по диалогу со старокатоликами, которые тогда всерьез рассматривали перспективу возвращения в Православную Церковь. Эта перспектива, действительно, была чрезвычайно реальной: у старокатоликов не было евхаристического общения с протестантами, они не приняли постановлений Первого Ватиканского собора и имели православную догматику.