В феврале 1905 года по указанию митрополита Антония была составлена записка–меморандум. Она была написана профессорами Санкт–Петербургской Духовной Академии и представляла собой первый за многие десятилетия, исходивший от церковной иерархии, проект возможных преобразований в сфере церковного управления — в связи с общими изменениями в нашей религиозно–общественной жизни. В записке указывалось на то, что если будет четко проведен принцип равенства всех вероисповеданий, то Русская Православная Церковь окажется в худшем положении. Если мусульманам или протестантам нужно создать свое религиозно–просветительское общество — они его организовывают и уведомляют об этом светскую власть. Нужно им открыть больницу, духовную школу, храм — они просто уведомляют об этом власть и спокойно осуществляют свое начинание. Русская же Православная Церковь оказывалась в очень сложном положении, потому что для создания православной больницы, прихода, журнала нужна была не только санкция Синода, но и местной государственной власти. Епархиальный архиерей (как и приходы) не мог полностью контролировать финансовые средства в епархии, все должно проходить через Синод, согласовываться с обер–прокурором.

До 1905 года инославные конфессии тоже должны были многие вопросы координировать с государственной властью. Но если им будет дана свобода, а об этом речь и шла, и митрополит Антоний против этого не возражал, то надо одновременно такую же свободу дать и Православной Церкви, дать ей возможность свободного осуществления по канонам принадлежащих ей функций.