Проблема построения апокрифа чрезвычайно важна. Анализ отдельных изречений в контексте произведения может помочь понять их. Рассмотрим 118 изречений, имеющихся здесь, и уделим особое внимание внешней и внутренней связи между ними. Некоторые темы повторяются неоднократно, но всякий раз по-новому освещены.
Евангелие представляет собой как бы беседу Иисуса с его учениками. Несмотря на то, что большую часть текста составляют его изречения, начинающиеся словами «Иисус сказал», на присутствие собеседников указывают вопросы и реплики слушателей (см.: 6, 13, 19, 23, 27, 29, 42, 48, 56, 76, 83, 95, 103, 108, 117), а также вопрос, обращенный Иисусом к ученикам (14). Трижды собеседники названы по именам (Мария - 24, Саломея - 65, Симон Петр - 118), есть и безымянные персонажи: «женщина в толпе» (83), «[некий человек]» (76). Форма беседы придает произведению большую свободу, позволяет затрагивать новые темы, однако при этом наводит на мысль, что известная внутренняя связь между отдельными изречениями существует.
Одна из центральных тем евангелия - проблема жизни и смерти - сформулирована уже во введении. Преодоление смерти, возможность «не вкусить смерти» сопряжена с задачей герменевтики - истолкования «тайных слов», сказанных Иисусом и записанных Дидимом Иудой Фомой.
В изречении 1, как и во введении, звучит призыв к поискам. Их завершение для человека - переживание экстатического состояния, о котором сказано так: «...и, когда он найдет, он будет потрясен, и, если он потрясен, он будет удивлен, и он будет царствовать над всем». «Ключевые слова» для введения и изречения 1: «кто обретает» (введение), «пока он не найдет» (1). Хотя в коптском тексте, как и в русском переводе, употреблены разные слова, смысл их один.